২০১৩ সাল পর্যন্ত জিনগতভাবে পরিবর্তিত খাবারের স্পষ্ট শ্রেণিবিন্যাস নেই এবং অনুশীলন অনুসারে বিভিন্ন মান অনুযায়ী বিভিন্ন শ্রেণিবিন্যাস করা যেতে পারে।
জিনগতভাবে পরিবর্তিত খাবারের মান হিসাবে জেনেটিকালি পরিবর্তিত উত্স রয়েছে কিনা তা অনুসারে, এটি নিম্নলিখিত তিনটি ভিন্ন ধরণের মধ্যে বিভক্ত করা যেতে পারে:
(1) জিনগতভাবে পরিবর্তিত খাবারগুলিতে জিনগতভাবে পরিবর্তিত খাবার থাকে না এমন জিনগতভাবে পরিবর্তিত জীব থেকে প্রাপ্ত খাবারগুলি বোঝায়, তবে পণ্যগুলিতে নিজেরাই কোনও স্থানান্তরিত জিন থাকে না।
(২) জিনগতভাবে পরিবর্তিত খাবারগুলিতে জিনগতভাবে পরিবর্তিত উপাদান থাকে তবে প্রসেসিংয়ের সময় তাদের বৈশিষ্ট্যগুলি পরিবর্তন করা হয় এবং জিনগতভাবে পরিবর্তিত খাবারগুলিতে স্থানান্তরিত সক্রিয় জিনের আর অস্তিত্ব থাকে না।
(3) জেনেটিকালি পরিবর্তিত খাবারগুলিতে সক্রিয় জিনগত উপাদান থাকে। মানুষ এ জাতীয় জিনগতভাবে পরিবর্তিত জীব বা খাবার খাওয়ার পরে, জীবের স্থানান্তরিত জিন এবং অন্তর্নিহিত জিনগুলি মানবদেহে প্রভাব ফেলবে।