দ্বি-মাত্রিক জেল ইলেক্ট্রোফোরেসিস প্রযুক্তি এবং ভর স্পেকট্রোম্যাট্রি প্রযুক্তি বর্তমানে প্রোটোমিক্স অধ্যয়নের জন্য সর্বাধিক ব্যবহৃত পদ্ধতি। দ্বি-মাত্রিক জেল ইলেক্ট্রোফোর্সেস প্রযুক্তি বিভিন্ন প্রোটিনকে আলাদা করতে প্রোটিন আইসোইলেকট্রিক পয়েন্ট এবং আণবিক ওজনের পার্থক্য ব্যবহার করে। যদিও দ্বি-মাত্রিক জেল ইলেক্ট্রোফোরেসিস দ্বারা স্বল্প প্রাচুর্য প্রোটিনকে পৃথক করা শক্ত, তবে এটি অপারেশনের জন্য উচ্চতর প্রয়োজনীয়তা রয়েছে তবে এর উচ্চতর মধ্য দিয়ে আউটপুট, ভাল রেজোলিউশন এবং পুনরুত্পাদনযোগ্যতা এবং ভর স্পেকট্রোমেট্রিগুলির সাথে একত্রিত হওয়ার এর বৈশিষ্ট্যগুলি এটি সবচেয়ে জনপ্রিয় এবং নির্ভরযোগ্য করে তুলেছে প্রোটিওমিক্স গবেষণা পদ্ধতি। দ্বি-মাত্রিক জেল ইলেক্ট্রোফোর্সেস প্রযুক্তি এবং ভর স্পেকট্রোম্যাট্রি-ভিত্তিক প্রোটোমিক্স গবেষণা পদ্ধতিগুলি নমুনা প্রস্তুতি → আইসোইলেকট্রিক ফোকাস করে → পলিয়াক্রাইমাইড জেল ইলেক্ট্রোফোরসিস l জেল স্টেইনিং interest আগ্রহের প্রোটিন স্পটগুলি খনন করে → ইন-জেল হজম → পেপটিডস ফিঙ্গারপ্রিন্ট বা আংশিক অ্যামিনোপ্রিন্ট নির্ধারণের জন্য গণ বর্ণালী বিশ্লেষণ অ্যাসিড ক্রম - প্রোটিন নির্ধারণের জন্য ডাটাবেস ব্যবহার করুন। প্রোটিওমিক্স গবেষণার জন্য উচ্চ-রেজোলিউশন প্রোটিন পৃথককরণ এবং সঠিক এবং সংবেদনশীল গণ বর্ণালী সম্পর্কিত সনাক্তকরণ কৌশল প্রয়োজন। জেল ইলেক্ট্রোফোরেসিসে প্রোটিনের রঙিন কেবল প্রোটিন পৃথকীকরণের রেজোলিউশনকেই প্রভাবিত করে না, পাশাপাশি পরবর্তী গণ স্পেকট্রোম্যাট্রি সনাক্তকরণকেও প্রভাবিত করে। প্রোটিন স্টেইনিং চারটি ভাগে বিভক্ত করা যেতে পারে: জৈব রিএজেন্ট স্টেইনিং, সিলভার স্টেইনিং, ফ্লুরোসেন্ট স্টেইনিং এবং আইসোটোপ রঙিন।
আনলু ইত্যাদি। ফ্লুরোসেন্স ডিফারেনশিয়াল ডিসপ্লে দ্বি-মাত্রিক ইলেক্ট্রোফোরেসিস (এফ -2 ডি-ডিআইজিই) পরিমাণগত প্রোটোমিক্স বিশ্লেষণ পদ্ধতি প্রস্তাবিত। ডিফারেনশিয়াল জেল ইলেক্ট্রোফোরেসিস (ডিআইজিই) হ'ল 2-ডিই এর প্রযুক্তিগত উন্নতি। এটি একাধিক প্রতিপ্রবিজ্ঞানের বিশ্লেষণের পদ্ধতির সমন্বয় করে। এটি একই জেলটিতে বিভিন্ন ফ্লুরোসেন্স সহ লেবেলযুক্ত একাধিক নমুনাগুলি পৃথক করে এবং অভ্যন্তরীণ অন্তর্নিহিত ধারণাটি প্রবর্তন করে। দুটি নমুনায় থাকা প্রোটিনগুলি দুটি নমুনায় প্রোটিনের অভিব্যক্তি সনাক্ত করতে 2-ডিই সম্পাদন করতে বিভিন্ন ফ্লুরোসেন্ট লেবেলের সাথে মিশ্রিত হয়, যা ফলাফলের যথার্থতা, নির্ভরযোগ্যতা এবং পুনরাবৃত্তিকে ব্যাপকভাবে উন্নত করে। ডিআইজিই প্রযুক্তিতে, প্রতিটি প্রোটিন স্পটের নিজস্ব অভ্যন্তরীণ মান থাকে এবং সনাক্ত করা প্রোটিনের প্রাচুর্য পরিবর্তন সত্য কিনা তা নিশ্চিত করার জন্য সফ্টওয়্যার প্রতিটি প্রোটিন স্পটের অভ্যন্তরীণ মান অনুযায়ী স্বয়ংক্রিয়ভাবে তার প্রকাশটি ক্রমাঙ্কিত করতে পারে। ডিআইজিই প্রযুক্তি বিভিন্ন নমুনায় প্রয়োগ করা হয়েছে।